Ar Rhagfyr 5 2006, cyhoeddwyd Margaret Prosser yn ddirprwy gadeirydd y Comisiwn Cydraddoldeb a Hawliau Dynol.
Gynt yn Ddirprwy Ysgrifennydd Cyffredinol Undeb y Gweithwyr Cludiant a Chyffredinol. Roedd Margaret yn lywydd y TUC, yn Gomisiynydd y Comisiwn Cydraddoldeb ac yn Undebwraig Llafur Rhyngwladol weithredol, yn cadeirio Pwyllgor Menywod y Byd Undeb Llafur Cemeg ac Egni Cenedlaethol.
Ar ôl ymddeol o Undeb Llafur Cludiant a Chyffredinol cafodd Margaret ei hapwyntio yn gadeirydd Comisiwn Cenedlaethol y Menywod, swydd y bu iddi ddal am bedair blynedd cyn ymddeol i gymryd ei swydd gyda’r CCHD.
Yn 2004 gofynnwyd i Margaret i gadeirio’r Comisiwn Menywod a Gwaith gan y prifweinidog i edrych ar achosion tâl ar sail rhyw a’r bwlch cyfleoedd. Adroddodd y WWC (Pwyllgor Menywod y Byd) yn Chwefror 2006 ac mae Margaret yn dal i weithio gyda’r TU, y lobi busnes a’r NGO i hyrwyddo’u argymhellion.
Daeth Margaret yn aelod o Dŷ'r Arglwyddi ym mis Gorffennaf, ac ym mis Tachwedd y flwyddyn honno apwyntiwyd hi ‘n gyfarwyddydd anweithredol y Post Brenhinol.